Een experiment dat misloopt kost een beroemde magier het leven, en het heengaan van deze illustere figuur dompelt het Magische Koninkrijk in rouw. Enkele maanden later krijgen de nabestaanden van de overleden magier brieven van zijn gevolmachtigde over de erfenis van zijn nalatenschap, waarin ze uitgenodigd worden op een piepklein onbewoond eiland dat de magier als vakantiehuisje en onderzoekslab gebruikte. Wanneer Mana zo'n brief krijgt, is ze sceptisch, maar na rijp beraad vraagt ze twee bevriende magical girls om haar te vergezellen...

Alles veranderde, plots, dramatisch en meedogenloos. Maar ze liet me niet aan de somberheid toegeven. Een jaar geleden was ik gewoon Chitose en was Yua nog Uchida. Ik herinner me de nacht waarop onze relatie werkelijk begon. Onze zomer is nog niet voorbij.

Zomervakantie! Op de Fuji-middelbare school gebeurt het gebruikelijke: studiekampen voor het tweede en het derde jaar. Met andere woorden, een geweldige kans voor tweedejaars om van de zomer met hun vrienden te genieten. Blauwe lucht en oceaan zo ver het oog reikt, meisjes in badpak, intieme gesprekken, en... warmwaterbronuitstapjes voor mannen alleen? Je kunt van het zonlicht genieten of je ogen ervoor toeknijpen; hoe dan ook, hou die herinneringen vast voor ze ontglippen.

Syr bekende Bell haar gevoelens op het Godinnenfeest en kreeg zijn antwoord. Het was niet het antwoord dat ze wilde, maar de Godin van de Schoonheid laat haar doelwit niet zo makkelijk ontsnappen. Freya verschijnt voor Hestia met een verzoek: geef Bell af.

Eind april 2097: het gebruik van strategische spreuken houdt niet op bij het Braziliaanse leger, want ook het Grote Aziatische Bondgenootschap zet Thunderclap Tower in de Golf van Guinee in. Magie wakkert het vuur van de oorlog aan, die al snel de hele wereld verzwelgt. Terwijl de publieke opinie zich onvermijdelijk tegen magiers als geheel keert, stelt Edward Clark, een onderzoeker van de USNA, een uitgebreid ruimtevaartontwikkelingsproject voor dat het Dioneproject heet, om het vreedzame gebruik van magie te bevorderen. De naam Taurus Silver duikt op in de lijst van gekozen kandidaten, waardoor mensen de waarheid ontdekken, namelijk dat dit eigenlijk Tatsuya is, waarmee hij en Miyuki weer voor een beproeving staan.

De Tien Meesterclans en de Achttien Steunclans zijn voor een conferentie samengekomen om hun bezorgdheid over Tatsuya's gedrag te uiten. Zijn officiele standpunt is dat al zijn daden nodig waren om Miyuki te beschermen, en hij heeft de volle steun van de Yotsuba, ook van het huidige clanhoofd Maya. Uiteraard zijn sommige van de andere families niet zo makkelijk te overtuigen. En terwijl dat ieders aandacht opeist, verdwijnt Mitsuya Shiina zonder een spoor, waarmee er weer een incident begint dat meer dan alleen First High zou kunnen raken...

Het is maart 2097 wanneer Synchroliner Fusion in Zuid-Amerika ingezet wordt, en de wereldwijde beroering die daarop volgde, heeft eindelijk Japan bereikt. De maand daarna krijgen Tatsuya en Miyuki een bericht van het hoofd van de Juumonjiclan, Katsuto. Ze worden allebei formeel uitgenodigd voor een conferentie van de Achttien Steunclans over de groeiende vijandigheid tegenover de groep, wat nog meer narigheid in Tatsuya's toekomst verzekert.

Terwijl Mahiru's schokkende verklaring door het klaslokaal weergalmt, staat Shuu met open mond te kijken. Mahiru is mooi en slim: een beter meisje kon hij zich niet voorstellen. En Shuu zal voor niets terugdeinzen om lichaam en geest te vormen tot iets wat haar gezelschap en haar vertrouwen waard is. Ondertussen is Mahiru vastbesloten hun relatie eindelijk naar het volgende niveau te tillen. Zullen hun inspanningen hen op dezelfde plek brengen...?

Alice en Rin gaan undercover in het keizerrijk... voor een cosplayconventie?! En de heilige discipelen gaan een beetje wild met de nieuwjaarsbrieven.

Het is eindelijk tijd voor Sayu om terug te keren naar haar ouderlijk huis in Hokkaido, en Yoshida is meegekomen om haar te steunen. Maar wanneer Sayu de deur van haar oude huis opent, krijgt ze een klap in het gezicht. Terwijl Sayu zowel haar eigen trauma als de verwijten van haar woedende moeder onder ogen ziet, moet Yoshida beslissen hoe hij haar het best kan helpen. Wat wacht dit vreemde tweetal, geen geliefden en geen familie, aan het eind van hun reis? En is het werkelijk voorbij?

Wanneer haar broer Issa voor Yoshida's deur staat, krijgt Sayu slechts een week om afscheid te nemen van haar nieuwe leven. Nu hun tijd samen opraakt, besluit ze Yoshida alles te vertellen over haar oude leven, over waarom ze weggelopen is, en over wat haar tijd met Yoshida voor haar heeft betekend. Maar is dit werkelijk het einde?

Terwijl kantoormedewerker Yoshida en de weggelopen scholiere Sayu zich steeds meer thuis voelen in hun ongewone regeling, verzamelt Sayu eindelijk de moed om haar toekomst onder ogen te zien en overweegt ze voor het eerst naar huis terug te gaan. Ondertussen blijkt de nieuwste medewerker op Yoshida's werk zijn vriendin van de middelbare school, Kanda, te zijn, wat Sayu's hart in verwarring brengt. En wanneer er een dure, onbekende auto voor Sayu's bijbaantje stopt, wat moet ze daarvan denken? Is Sayu werkelijk klaar om te vertrekken?

Nadat ze de held uitgewuifd hebben, bezoeken Satou en het gezelschap het Dorp der Adepten in de provincie Parion. Maar kort na hun aankomst beginnen er leerlingen te verdwijnen. De verdwijningen lijken verband te houden met een heilige vrouw en een mysterieus ritueel. Kan ieders favoriete probleemoplosser opnieuw een zaak kraken?

Satou en zijn gezelschap trekken naar de provincie Parion, waar ze de held Hayato aantreffen, die onder de gevolgen van de vloek van een demonenheer lijdt. Maar het wezen ten val brengen dat hem betoverd heeft, wordt geen makkelijke klus, zeker omdat het het binnenste van zijn domein naar believen kan veranderen. Nadat hij zijn gezelschapsleden met nieuwe uitrusting uitgerust heeft, bundelt Satou de krachten met soldaten uit zowel Saga als Parion om de nieuwe demonenheer voor eens en altijd te verdrijven!